南京地铁移动支付支持银联闪付和支付宝扫码两种方式，在具体使用中有一定区别：
银联闪付用户持“62”开头的银联IC卡直接刷卡过闸乘车，也可通过绑定银联卡的HuaweiPay、ApplePay、MiPay、SamsungPay银联手机闪付方式刷手机过闸乘车，乘客无须打开任何应用，在传统刷卡区“轻轻一挥”即可快速过闸。
使用支付宝的乘客，在手机上点击“支付宝APP—付钱—乘车码—南京地铁电子卡”，注册并成功领取“南京地铁电子卡”后，将“南京地铁电子卡”二维码对准闸机橙黄色部分的扫码区，听到提示音后，闸机开门即可进站，出站操作类似。