贷款利率：商贷的基准利率是4.9%，公积金贷款利率是3.25%。（都为五年期以上，商贷按银行不同会有上浮利率情况）
贷款流程：商业贷款要在办理过户之前审核贷款，公积金贷款也是在办理过户之前审核贷款。（其中省公积金需要在过户之后由公积金管理中心审批之后再放款）
审批时间：根据个人材料有所不同，相比之下商业贷款略快。
贷款来源：商业贷款放款源头的来源主要是商业银行等放贷机构筹集的社会公众资金，而公积金房屋贷款则是公积金缴费者缴纳的资金。
使用人：商业房贷针对所有符合条件的社会公众开放，而公积金贷款则只对公积金缴纳者开放。
利息用途：商业房贷的利息是商业行为的盈利，归相关的投资人，而公积金利息则是有政策规定用途，只能用于保障性住房建设。
审批机构：商业房贷主要通过银行审批，决定权在银行；公积金房贷则需要通过公积金管理中心审批，决定权在公积金管理中心，银行只是执行机构。
年限和额度：不同银行和不同城市公积金管理中心规定不同，一般来说商业贷款可以选择的还贷期更长更灵活，额度更高。
二套房：商业贷款对二套房贷的政策性限制更多，利率更高，而公积金贷款则基本不受二套房贷的政策影响，前提是一套房已经还清，同样可以享受优惠利率。