签注是指在证件表册上批注意见或有关事项，签注是印于港澳通信证上的，证明通行证持有人可合法前往香港或澳门的注释。签注会注明持有人此次前往香港或澳门的目的、行程时间等。
港澳通行证签注规定了港澳通行证前往的地方(香港或者澳门)和次数。申请港澳通行证、填写申请表格时有一项选择是让您选择您所要前往的目的地，您可以选择香港或者澳门，同时签注还有次数的选择，一般签注会注明您可以前往的次数，目前办理的通行证的来往次数都是2次的。次数用完了是可以续签的。
赴港澳的签注种类共分4种：
L签注(即团队旅游签注，必须随旅行团进出)；
G签注(即个人旅游签注，不受跟团旅游限制，可赴港澳自由行)；
S签注(即商务签注)；
T签注(即探亲签注)。