合作医疗和医保所覆盖的对象不同，缴费方式不同，待遇也不相同。
1、所覆盖的对象不同
新型农村合作医疗只有农民才可以参加，而且是必须以家庭为单位整户参加，国家实施这个政策，目的是解决农民“因病致贫、因病返贫”，缓解农民的经济压力，保障农民基本卫生服务。
而城镇职工基本医疗保险是用人单位和个人缴费建立的医疗保险基金，是国家为了补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。而且规定了乡镇企业以及职工、城镇个体经济组织业主及其从业人员也要纳入基本医疗保险范围内。
2、缴费方式不同
新型农村合作医疗是农民自愿参加，农民个人每年缴费标准不能采取个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式筹集资金。目前，农村合作医低于10元，当然根据地区经济条件来划分标准，条件好的地区，缴费标准可能会高一些。疗保险缴费标准有每年100元、200元、300元、400元、500元，各个地方根据自身的情况来设置缴费的档次，当然是多缴多得了。
城镇职工基本医疗保险费是用人单位和职工共同缴纳的。用人单位缴费率应该控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。
3、待遇不同
新型农村合作医疗费用补助，在不同级别的医疗机构补助费用也是不同的，县内一级医院100元，二级医院200元，县外医院500元，补助的比例也是不一样的，县内一级医院60%，二级医院50%，县外医院40%。
而城镇职工基本医疗保险是参保人除了享受个人账户费用门诊包干，还可以享受住院医疗，大病的补助以及特殊病种医疗费用的包干待遇，听起来优惠好多，与农村合作医疗采用不同的是，城镇职工医疗保险实行的是统账结合的方式。