我国的医保支付方式有许多种，例如按人头付费、按平均定额付费、按病种付费、总额预算制等。
1、按人头付费。它主要是根据医院提供服务的人口数量来规定每个人的定额标准，实际上就是一种预付制。它的好处是管理较简单且费用低，并能自觉控制费用。当然缺点是病情较于简单的患者更容易被医院所接受。
2、按平均定额付费。它也叫按服务人次付费，医保机构和医院事先就确定好门诊和住院人次的平均定额标准，按照此标准来进行结算。当费用低于标准时，就按实际费用结算；费用高于标准时，在经过定额标准结算后，超出标准并符合条件的部分，由双方按比例分担。这类支付方式比较简单，管理要求也比较低，并且不会影响医疗服务质量。但也有可能导致人次过多而降低服务质量的事件出现。
3、按病种付费。实际就是按诊断疾病分类来定额支付，它是最直接最有效率的一项支付方式，缩短了大量的时间并提高了工作效率。但其的缺点是管理要求以及成本过高，全面实施太难。
4、总额预算制。也是由机构与医院协商好后确定一年的总额预算，不论实际医疗费用有多少，都以这个总额为标准限度，并且医疗机构必须保证符合规定的医疗服务。
5、按服务项目付费。这是我国运用的最早、最广泛的支付方式，属于事后付费。但医疗费用难以控制，就会造成费用上涨的问题。