医保和新农合区别很大，覆盖的对象不同，缴费主体不同，另外缴纳费用的标准也有差别。
1、所覆盖的对象不同
职工医疗保险是城镇所有用人单位，包括企业（国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等）、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工，都要参加。乡镇企业及其职工、城镇个体经济组织业主及其从业人员是否参加基本医疗保险，由各省、自治区、直辖市人民政府决定。新农合必须是有农村户口才可以办理。
2、缴费主体不同
职工医疗保险是指国家通过立法强制规定，用人单位和社会成员个人共同缴纳医疗保险费，建立医疗保险基金。
新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
3、缴费标准不同
职工基本医疗保险缴费和个人工资有关，按照相关规定的比例标准缴纳，分为几档可以选择，一般单位承担8%，个人承担2%。职工医保的缴费标准远高于新农合。
新型农村合作医疗的缴费标准有每年100元、200元、300元、400元、500元，各个地方根据自身的情况来设置缴费的档次，不同的省市，因为经济水平的不同，缴费标准有所不同。