在注册制下证券发行审核机构只对注册文件进行形式审查，不进行实质判断。而证券发行核准制即所谓的实质管理原则。审核机关是否对公司的价值作出判断，是注册制与核准制的划分标准。
两者的详细区别在于：1、形式审核（注册制）其最重要的特征是：在注册制下证券发行审核机构只对注册文件进行形式审查，不进行实质判断，指的是在披露哲学的指导下，只检查公开的内容是否齐全，格式是否符合要求，而不管公开的内容是否真实可靠，更不管公司经营状况的好坏，坚持市场经济中的贸易自由原则，认为政府无权禁止一种证券的发行，不管它的质量有多糟糕，注册制还主张事后控制。
2、实质审核(核准制)不仅行政机关对披露内容的真实性进行核查与判断，而且还需要指行政机关对披露内容的投资价值作出判断，对发行人是否符合发行条件进行实质审核，核准制主张事前控制。
3、注册制与核准制相比，注册组具有发行人成本更低、上市效率更高、对社会资源耗费更少，资本市场可以快速实现资源配置功能。审核时间相对比较短。
4、注册制主要证监会形式审核，中介机构实质性审核。中介的诚信对公司市场相当重要。核准制是中介机构和证监会分担实质性审核职责，政府的审核工作量很大。