1、质押物选择的风险
目前国内对股权质押，在政策上还没有完全放开。作为出质物的股权包括股份有限公司流通股和非流通股股权以及有限责任公司的股权。上市股份公司法人股由于企业运作相对规范、信息透明度高、市场监管严格，并且在权利转让上有法定的登记机构，成为业界普遍接受的担保品。而非上市企业的股权，由于信息的不对称以及缺少合理的质押登记机构，从而加大了法律维权的难度。
商业银行以股权质押发放的贷款中，大多数质押物标的为非上市公司的股权，在进行资产保全时容易产生法律纠葛，从而影响到债权的顺利实现。
2、股权质押的设定风险
由于有限责任公司在实际操作中一般没有向股东出具股东名册，即使出具股东名册，但股东名册的公示力、公信力不强，对质权人也缺乏有力的保护，出质人有必要采用股东名册独立第三方登记托管，不过目前没有明确的法律法规做出规定。因此，对有限责任公司，由现有的工商登记体系中的股权登记来实现股东名册的独立第三方托管。
3、出质股权的管理风险
担保公司作为质权人接受贷款企业的股权质押后，实际可以行使包括经营决策权在内的相关权利(当然行使权利的唯一目的是企业的正常经营)，以了解并掌握贷款企业的经营状况，降低担保风险。万一贷款企业出现坏帐，担保公司必须处置股权求偿。