云南交投下设了6个独立经营的子公司，8个公路管理处、20个在建和拟建公路项目建设指挥部、3个养护中心、1个机电维护中心、1个工程检测中心。
子公司：云南云岭高速公路交通科技有限公司、云南云岭高速公路养护绿化工程有限公司、云南云岭高速公路房地产开发有限公司、云南云岭高速公路工程咨询有限公司、云南云岭高速公路桥梁工程有限公司、云南云岭高速公路沿线设施开发有限公司。
管理处：昆明东管理处、昆明西管理处、大理管理处、保山管理处、昭通管理处、文山管理处、普洱管理处红河管理处。
公路建设指挥部：云南大丽高速公路建设指挥部、南武昆高速公路建设指挥部、云南保腾高速公路建设指挥部、云南丽江机场公路建设指挥部、云南楚广公路建设指挥部、云南普宣公路建设指挥部、云南昭会公路建设指挥、云南待功公路建设指挥部、云南龙瑞高速公路建设指挥部
养护、维护中心：滇东高速公路养护中心、滇西高速公路养护中心、滇南高速公路养护中心、交通机电工程维护中心、公路试验检测中心、公路文化走廊建设、滇西公路文化走廊、滇南公路绿色生态走廊。