最直接的原因便是商鞅在变法过程中与当时尚未继位的惠文王及其党羽产生了矛盾。为了让新法更具威严，商鞅主张“王子犯法，与庶民同罪”的观念，于是坚决处罚触犯法律的太子，也就是日后的惠文王。因为不能直接对太子用刑，商鞅便将他的老师公子虔施以了劓刑，以示惩戒。
在中国历史上商鞅和秦孝公的君臣际遇可谓千百年难得一遇——为了共同的变法强秦的梦想他们相伴始终。正是商鞅变法使秦国由一个诸侯卑之的贫弱之国奇迹般实现了大国崛起，从而奠定了秦国日后一统天下的基础。商鞅变法所确立的郡县制度、中央集权成为了此后两千余年中国历史的主流。
尽管中国历史上也和西方国家一样出现过分裂动荡的时期，但不能否认的是统一始终是中华文明的历史发展主流趋势。所谓万世皆行秦政治就是说秦奠定了此后两千余年中国历代王朝中央集权皇权专制政体。
这种政体在秦国的诞生正是肇始于商鞅变法。公元前356年秦孝公任命商鞅为左庶长推行变法。商鞅变法作为战国七雄中持续时间最长、程度最深彻的变法之所以能取得成功的一个重要原因就是秦孝公的支持。
秦孝公为支持变法不惜与秦国的保守世家贵族为敌，甚至当自己的太子和兄长触犯新法时也能从秦国长远的根本利益出发断然处置。
中国历史上许多著名的变法改革大多因君王虎头蛇尾半心半意而中途夭折。能做到像秦孝公这样队变法始终不渝全力支持的君王在中国历史上可谓凤毛麟角。
正是秦孝公的鼎力支持为商鞅变法的彻底提供了政治上、时间上的保障。公元前350年秦孝公迁都咸阳并将这里作为日后秦国东出的基地。
正是在这里秦孝公命商鞅进行第二次变法，从而使秦国的军力、生产力和政治凝聚力得到进一步增强。在经过商鞅两次变法之后秦国的实力日渐强大：废井田、重农桑、奖军功、统一度量衡、建立县制等一系列变法措施，使秦国打破了贵族与庶民之间的阶级壁垒，确立了按军功授爵的制度，中央集权得到强化，粮食产量也大为提升。
公元前352年秦孝公任命商鞅为大良造率兵长驱直入包围魏国并占领魏国旧都安邑（今山西省夏县西北）。秦孝公十一年（公元前351年）商鞅又率兵包围并占领了固阳。
秦孝公二十一年（公元前341年）魏国在马陵之战遭受齐国重创：主将庞涓自杀、太子申被俘。同年秦国趁机联合齐、赵两国攻打魏国：九月秦孝公派商鞅进攻魏国的河东，魏国方面派公子卬迎战。
商鞅设计俘虏了公子卬，迫使魏惠王割让河西部分土地。秦孝公二十四年（公元前338年）秦国再次攻魏。
这次秦军在岸门（今山西省河津市南）击败魏军。同年秦国又联合大荔戎包围了魏国的郃阳（今陕西省合阳县东南）。在商鞅变法之前秦国在战国七雄中并非一个强国：战国初期魏、齐等东方列国相继通过变法增强了实力，相比之下地处西陲的秦国仍受到过时的旧制度束缚支配。那时秦国在与魏国的战争中被魏国名将吴起夺取了河西之地，从此秦国就被遏制封锁在陇西山区，也因此几乎断绝了与中原地区各诸侯国在政治、经济、文化等各方面的联系。
那时国力弱小、文化落后的秦国被中原列国视为野蛮的戎狄。秦孝公因此感叹：“诸侯卑秦，丑莫大焉”。商鞅变法昔日被东方列国鄙视的秦国逐渐成为令天下畏惧的虎狼之国。
这样看来商鞅就是使秦国迈向强大的功臣，然而变法功臣商鞅最终却落得一个车裂的下场。所谓车裂就是把人的头和四肢分别绑在五匹马，或五头牛身上将其撕裂成五块，所以车裂这种刑罚在民间俗称为五牛分尸或五马分尸。商鞅被杀之后他的家人也全部被株连处死。
《战国策》对商鞅之死记载道：“商君归还，惠王车裂之，而秦人不怜”。商鞅变法的确增强了秦国的实力不假，可究竟是谁从商鞅变法中获得了好处呢？
首先获得好处的是秦国嬴姓家族，他们作为这个国家的统治者自然会在秦国的强大中获得好处。可令他们获得好处的是商君之法，而并不是商鞅这个人。
其实商鞅对秦惠文王个人而言恰恰是他必须除掉的敌人——试想秦国百姓只知有商君而不知有秦王，这对一名专制统治者而言意味着什么？
秦惠文王嬴驷还是太子的时候商鞅已在秦国大力推行变法。当商鞅作出迁都咸阳改行县制的决策时碰上了一个烫手的山芋——原来当时的咸阳并不是秦国君主直辖的土地，而是秦国世家大族的封地，而且这块封地的主人正是太子嬴驷的舅舅。
可商鞅为了顺利贯彻自己的变法措施不仅毫不犹豫地收走了这块封地，顺便把这块封地方原主人（也就是太子嬴驷的舅舅）处死了。这下秦国的世家大族坐不住了——连太子的舅舅都敢杀，他们的封地乃至身家性命还能保得住？
老世族们开始联合起来唆使太子违犯商鞅颁布的新法。商鞅将此事如实告知秦孝公，孝公的答复是“秦国可以没有太子，但寡人不可没有秦国”。
虽然有了孝公如此明确的答复，可商鞅也不敢贸然对太子施予刑罚，于是他想到了一个变通的办法——割掉太子的老师公子虔的鼻子，又在太子另一个老师公孙贾的脸上刺字，以此表明自己铁腕护法绝不姑息养奸的决心。按说商鞅杀了太子的舅舅，又对太子的两个老师施予大刑，太子嬴驷对其恨之入骨也是正常之事。
然而嬴驷偏偏不是一个常人——他虽然杀了商鞅，却保留了商君之法，而且在位期间颇有作为：任用张仪行连横之策分化瓦解六国，率先完成秦国的称王之举。
如此一位大有为之君如果说是为了报复一己私仇而下此杀手未免小看了他。那么秦惠文王之所以杀商鞅是否还有更深层的原因呢？
司马迁写《史记》时一般都会在每一章节的结尾以太史公曰进行总结，在《史记·商君列传》中司马迁对商鞅的总结是“天资刻薄少恩”。依司马迁的意思：商鞅死于性格。
司马迁意思是说商鞅为人刻薄少恩、不讲人情、没有朋友、没有人性，所以弄得天怒人怨，一生背负恶名，只有死路一条。这话一语中的，但失之片面——商鞅之死的确和他本人的性格有相当大程度上的关联，但商鞅作为一个政治家的命运实际上已经与时代、社会、国家和各方利益相连，性格有时候只是造成他结局的一个因素，甚至不是主要因素。商鞅之死的根本原因在于：他的改革变法触动了秦国宗室贵族集团的利益。这点其实司马迁自己也提到过：“商君相秦十年，宗室贵族多怨望者”。
变法之前旧贵族的爵位和俸禄是世袭的——世世代代享有政治和经济特权。但商鞅奖励军功的新法规定：凡是没建立军功的旧贵族都要从宗室贵族的簿籍上除名，相反有军功的平民也可以按军功封爵受赏。
过去贵族在自己的封地上是掌握生杀予夺大权的；商鞅将贵族封地改设为由国君统一领导的郡、县。商鞅这些举措大大削弱了宗室贵族的权力，从而使秦国君主的权力得到了极大的强化。这种集权符合了秦王的利益，所以才得到秦孝公的全力支持，但却得罪了秦国宗室贵族集团。
随着改革变法的不断深入已使商鞅与宗室贵族集团成为一对非常尖锐的矛盾。只是这个矛盾在秦孝公健在时还不至于不可调和。
在秦孝公的斡旋下矛盾的双方还暂时表现为势均力敌，然而秦孝公死后这个矛盾就必然发展转化为不可调和。由于新君秦惠文王的加入使力量在瞬间发生了倾斜。
商鞅曾经不看当年太子而今国君的面对太子师傅用刑。这也许并不是导致商鞅之死的最主要原因，但这个潜在原因的确加重了秦惠文王除掉商鞅的决心。
自古以来功高震主都是人臣大忌。尤其是新君继位之初和先君时代的辅政大臣之间几乎必然会产生矛盾：秦惠文王和商鞅在中国历史上并不是唯一的例子，日后的秦始皇和吕不韦、唐高宗和长孙无忌、万历帝和张居正、康熙帝和鳌拜等等都在反复不断重演着类似的故事。
如果我们站在秦惠文王的立场上考虑：满朝文武只知有商君，而不知道自己这个一国之君的威严，那么秦惠文王还能容得下商鞅吗？此时的商鞅实际上已成为君权与贵族利益冲突的焦点。
在商鞅的改革中王权得到加强、贵族遭到削弱。贵族们不敢对君权发出不满，但要把这种不满发泄在始作俑者商鞅身上。商鞅成为贵族的众矢之的，必欲置之死地而后快。
所以新国君秦惠文王刚刚即位之时公子虔等人就诬告商鞅谋反。是杀死商鞅？还是继续得罪宗室贵族集团？这是一个单项必选题。
杀死商鞅对新国君秦惠文王来说远比得罪贵族集团更为明智。商鞅对新秦君而言已没太大的价值：变法已全面实施，改革已走上正轨，效果也十分明显。
况且商鞅是先君任用的老臣，新王杀他没有感情障碍，也不会有什么内疚感，而宗室贵族集团既势力强大又还有充分的利用价值。杀死商鞅、解决君权与宗室贵族集团间的利益冲突对此时的秦惠文王来说是最好的选择。
秦国的宗室贵族早就对商鞅恨之入骨，而身为新君的惠文王嬴驷也打算牺牲商鞅，至于秦国的平民百姓也不见得对商鞅有多少好感可言。
秦国的平民百姓商鞅变法的驱策者——这场变法对他们而言有得有失，不过得与失不是他们自己能选择的，商鞅也从没站在他们的立场上考虑过。法家思想的本质不在于解放人民，而在于维护君主独裁——法家信徒只对君主一人负责。
商鞅变法之前的秦国百姓被贵族老爷们骑在头上，即使立下军功也难有晋升渠道；军功爵制度说白了就是变贵族等级制为君主独裁制——从此以后这个国家不再有贵族和百姓之分，所有人都是君主的奴才。
君权可以让人生，也可以让人死，可以把混迹街头的韦小宝变成帝国重臣，也可以让今天的重臣世家灰飞烟灭。所谓国家和百姓是无关的——“君即国，国即君，朕即天下，天下即朕”正是商鞅变法之后两千余年中国专制皇权时代的真实写照。
连坐制、告密制一时之间风行秦国。商鞅所要的效果也正是如此——百姓不必思考自己和家人的命运是什么，只需按朝廷规划的耕战制度去旅行职责即可。在这样的情况下秦国百姓实际上早已失去独立思考的能力。
商鞅算不上是秦国百姓的恩人，也算不上是秦国百姓的仇人，而是一个他们不能违抗的人，所以当商鞅逃难之际没任何人敢收留他，因为这是商君之法所禁止的。
这时商鞅所面临的形势是：君主希望借他的人头立威；贵族恨不得食其肉寝其皮；百姓倒是并不见得真有多恨他，而是百姓早已习惯了不过问朝廷政事的传统。
事实上绝大多数秦国人倒并不见得有多恨商鞅，但他们也不会有多怜悯商鞅。因为他们觉得此事和自己并无干系，所以他们淡然处之、安之若素。
当然秦惠文王嬴驷并不是昏君：他知道只有商鞅变法才能振兴秦国，达到富国强军目的！他杀商鞅完全是因为政治因素！
事实上秦惠文王之所以杀商鞅，也含有推行新法的意图：商鞅变法触动了秦国既得利益集团的利益，本就已犯众怒，几乎完全是在秦孝公的大力支持下进行的。
秦孝公死后新君地位尚不稳固之时在变法中利益受损的既得利益者们全都看到这是扳倒新法、恢复旧制的大好时机，于是秦惠文王用商鞅的命来暂时安抚既得利益集团当时的愤恨之心，从而得以暂时减轻新法执行的阻力。