食品小经营店备案证和食品经营许可证有许多不同：
1、针对对象不同。
食品小经营店备案证是各地针对“三小”即食品小作坊、小经营店和小摊点；食品经营许可证针对所有食品行业领域生产经营活动。
2、适用法律法规不同。
食品小经营店备案证只适用各地方制定法规，食品经营许可证适用《餐饮服务许可管理办法》，为国家法律法规。
3、扮演身份不同。
小作坊、小经营店和小摊点基本上无固定法定地点，多数为无工商营业执照，食品小经营店备案证扮演“临时身份证”角色；食品经营许可证只是行业经营许可凭证。
法律依据：《食品经营许可管理办法》 第二条 在中华人民共和国境内，从事食品销售和餐饮服务活动，应当依法取得食品经营许可。
食品经营许可的申请、受理、审查、决定及其监督检查，适用本办法。
法律效力不同，食品经营许可证法律效力强具有强制性规定，必须办理才能从事经营活动，否则就是非法经营，情节严重构成非法经营罪。备案证则不是法律强制性规定！不构成犯罪！