同工同酬和备案制的区别是同工同酬人才有更多的自由选择权。同工同酬是受制于没有编制，很多单位为了留住人才，对新聘用制人才实行同工同酬，没了编制的束缚，在用人方面从过去的单向选择变成双向选择，用人方面有了更大的自主权，这也倒逼单位加强管理，留住人才。
备案制是公益二类事业单位一种创新的管理方式，它比合同制好，比聘用制稍差，但是待遇来说和事业编制是没有区别的，以医院为例，理解为新的一种编制，就是浮动编制，在医院名额是你，但是人事网查不到你的名字，不具体到个人，隶属医院。
备案不是目的，备案是一种形式，它是解决目前院编制不足的问题。备案制真正的内涵是背后的社会保障。