主要区别：
区别一，是否属于国家体制内。备案制就是合同制，体制外的，不是正式的。编内是体制内的，正式的。
区别二，单位和员工互相选择的权限。备案制，单位和员工互相选择的范围更大些，签订的合同到期了，单位与备案制员工可以续签，也可以不签，根据具体情况而定，双方的选择空间更大。使得员工自由执业的可能性更大。
编制内，单位和员工互相选择的范围很小，一般情况下，除非员工辞职或者员工违法犯罪，否则单位不能无故解聘，使得员工自由执业的可能性更小。
区别三，享受的社会保障有差别。备案制，职工按照当地有关的劳动法，可享受五险（即养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险）社会保障，但没有二金（住房公积金和职业年金）。
编制内，职工享受的工资待遇，按照人社部门规定的标准来计发，可享受二金五险（即养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险和住房公积金、职业年金）的社会保障。
区别四，工作的稳定性。备案制，较稳定。编制内，很稳定。
区别五，享受的工资待遇。备案制，比常说的合同工的待遇提高，作为医生的待遇比较高，该有的一般都有。编制内，比备案制员工高，医生待遇相当不错。
区别六，前景有细微差别。备案制，如果长期在医院上班，前途较为不明朗。但若选择出外创业，开诊所或者做与专业相关的工作，前途很好。编制内，如果长期在医院工作，前途广阔（一般编制内的医生较少离职，故不讨论离职）
区别七，对于在编职工而言，编制意味你拥有一份非常稳定的工作，除非违法，否则一般都不会被解聘。编制备案制就是将原来合同工的待遇提高，但又不是“铁饭碗”。
扩展资料：
针对全国在公立医院层面，医务人员有编制内、编制外两种身份的实际情况。对编制内和编制外的人员，研究如何在地方的编制总量范围内核定公立医院的编制总量，然后努力地推行编制备案制。
除了养老，在编内和编外人员的待遇执行现有的政策以外，在晋升职称、薪酬水平、学术地位等其他方面要努力的实行做到同岗同薪同待遇。
区别一，是否属于国家体制内。备案制就是合同制，体制外的，不是正式的。编内是体制内的，正式的。
区别二，单位和员工互相选择的权限。备案制，单位和员工互相选择的范围更大些，签订的合同到期了，单位与备案制员工可以续签，也可以不签，根据具体情况而定，双方的选择空间更大。使得员工自由执业的可能性更大。
编制内，单位和员工互相选择的范围很小，一般情况下，除非员工辞职或者员工违法犯罪，否则单位不能无故解聘，使得员工自由执业的可能性更小。
区别三，享受的社会保障有差别。备案制，职工按照当地有关的劳动法，可享受五险（即养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险）社会保障，但没有二金（住房公积金和职业年金）。
编制内，职工享受的工资待遇，按照人社部门规定的标准来计发，可享受二金五险（即养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险和住房公积金、职业年金）的社会保障。
区别四，工作的稳定性。备案制，较稳定。编制内，很稳定。
聘用制：以合同的形式确定事业单位与职工基本人事关系的一种用人制度，即事业单位工作人员在本单位的身份属性通过与单位签订聘用合同确定。聘用制就是要将传统的用人制度改革成为合同契约式的用人制度，是事业单位内部具体工作岗位的管理制度。教育类事业单位常用这种形式。
备案制：用人单位新招用职工或与职工续订劳动合同的，应自招用或续订劳动合同之日起30日内进行劳动用工备案。卫生类事业单位常用这种形式。
