当然是串口。
串口硬件电路简单，基本不需要任何驱动以及软件，且可以根据需要提供硬件加载各个阶段的调试信息（如bootloader或Linux内核启动阶段的调试信息）。
而以太网接口首先硬件设计较为复杂，软件上也需要驱动和协议栈支持，往往需要等待系统启动进入正常工作状态后才可提供调试信息。
从灵活性上来讲，两者实际上差不太多，串口也只需要一根USB转串口线就可使用。另外因为电脑上有多个usb口，可以连接多个设备同时调试。
另外以太网需要设置ip、网关等相关设置，比串口复杂。
串口的速度劣势在调试场合时不明显，不如说以太网的速度用作调试完全是浪费。
据我所知，在嵌入式设备上，串口一直是最主流的调试接口。