区别有三个方面：
一，范围不同：
立项备案：政府投资项目和《政府核准的投资项目目录》以外的总投资在50万元以上的企业投资项目实行备案制。
核准证明：《政府核准的投资项目》目录以内的项目实行核准制。
第二，内容不同：
立项备案：备案审查内容包括是否符合法律、法规及其它有关规定，是否符合国家产业政策、投资政策的规定，是否符合行业准入标准，是否属于 政府审批或核准而不应进行备案项目。
核准证明：项目核准的内容包括是否符合国家法律法规，符合国民经济和社会发展规划、行业规划、产业政策、行业准入标准和土地利用总体规划。
符合国家宏观调控政策，地区布局合理，主要产品未对国内市场形成垄断，未影响国家经济安全，合理开发并有效利用资源，生态环境和自然遗产得到有效保护，未对公众利益、特别是项目建设地公众利益产生重大影响。
第三，申报材料不同：
立项备案：企业投资项目备案申请表、项目单位法人工商登记证明。
核准证明：项目核准需申报的材料有项目申请报告书、规划选址意见书、项目用地预审意见书、环境影响评价意见书、有关法律法规规定的其它材料。