公司申请保密资质应遵循以下步骤：
一、咨询备案、受理登记
1、根据《武器装备科研生产单位保密资格审查认证管理办法》第十一条规定，了解本单位是否具备申请保密资格的基本条件；
2、提交《武器装备科研生产单位保密资格审查认证登记表》原件二份，《承担武器装备科研生产项目或产品涉及国家秘密证明表》、《公司章程》复印件二份；
3、填写军品生产情况登记表（填写后秘密），专人送达或通过机要渠道邮寄至省国防科工办，并根据情况汇报单位军品生产情况和申请保密资质的具体理由；
4、根据具体情况，省国防科工办到申请保密资格单位了解：
（1）、公司的基本情况；
（2）、公司生产军品的情况；
（3）、申请保密资格认证的准备工作；
（4）、到生产场所、保密场所实地了解。
二、省市保密局作具体指导
1、接到可以正式申请的通知后，即与省市保密局联系，请“上海棠开咨询公司”作具体的指导；
2、购买《军工保密资格审查认证工作指导手册》及《军工保密资格审查认证考试题库》；
3、根据《军工保密资格审查认证工作指导手册》的武器装备科研生产单位二、三级保密资格标准（指导手册中的附件4、6）要求，建立健全保密管理体系。
4、成立保密委员会、保密办公室、定密小组，按规定划分保密要害部门部位及涉密人员；
5、根据企业的实际情况，列出申请军工保密资格审查认证的工作计划；6、根据军工保密资格审查认证工作指导手册，初步建立健全文字档案；依据国家保密法律法规和上级有关规定制定基本制度、二级制度和专项制度。
7、对涉密人员进行审查，保密管理人员或者兼职保密管理人员参加省市保密局组织的保密员培训；单位涉密人员的学习要达到要求，并做好员工的保密教育。
8、在省市保密局的指导下，填写《申请书》及根据《武器装备科研生产单位保密资格审查认证管理办法》第十二条规定准备相关资料，注意《申请书》的填写内容不得涉密，应当回避涉密内容或进行非密化处理；
9、对保密室进行全面的整修，完善自动化办公设备；
10、根据“武器装备科研生产单位二、三级保密资格评分标准”各项自评打分（附件），对自查中存在的问题立即进行整改，整改时最好以列表的形式，将整改责任人、整改期限一一列明，争取申请书上报市保密局前整改完毕。
申请保密资质须具备以下条件
中华人民共和国境内登记注册的企业法人或事业法人；
承担或拟承担武器装备科研生产的项目或产品涉密；
无外商（含港澳台）投资和雇用外籍人员，国家有特殊规定的除外；
承担涉密武器装备科研生产任务的人员，应当具有中华人民共和国国籍，在中华人民共和国境内居住，与境外人员（含港澳台）无婚姻关系；
由固定的科研生产和办公场所，并符合国家有关安全保密要求；
一年内未发生泄密事件；
无非法获取、持有国家秘密以及其他严重违法行为。