目前看来，病毒似乎没有单一的祖先，可能有多种来源，或者说上述几种假说各自代表病毒的一种来源。病毒一般经过吸附、注入、繁殖、组装、释放等过程形成。由于病毒是细胞内寄生虫的退化形式，是介于生命体和非生命体之间的物质，只能通过寄生繁殖。
了解生物进化的朋友们应该都知道，溯源所指的是，任何不同种类的两种生物根据演化形式往上追溯，最终都能追溯到某个共同祖先，而所有的生物最终都能追溯到一个以细菌单细胞形式存在的共同始祖，由此推断便能以图画的方式构建出一幅生命演化图，俗称生命进化树。
然而，在生物进化树上，有细菌类，真菌类，动植物类，但病毒却似乎不在这棵树上，这是为什么呢？那病毒这个生物到底从何而来呢？关于病毒的来历，现在的学术界也没有给出具体的定义，至于病毒的起源问题只能是推断和猜测，因为缺少证据，比如生物进化树上的物种基本上都能找到化石证据，而病毒这类生物因为太小，根本找不到类似的化石证据，所以病毒的起源至今仍是个谜！
但有一点可以肯定的是，病毒绝对是早于地球上所有物种始祖的存在，因为病毒是寄生于细胞的寄生生物，而最早的细胞形成于大约39亿年前，而在细胞形成之前，还有一个阶段称为“分子生命”。也可以视之为病毒的前身。
下面我们就来说一说病毒起源的三个理论假说：
一：病毒是早于细胞出现的生命体
远古时期，地球上诞生了第一批有机分子（以“RNA”分子形式存在的分子生命），这批“RNA”分子逐渐进化产生酶活以及复制能力，后来这批分子生命中出现了变种，这里称为“LUCA”分子生命，“LUCA”又进一步进化，逐渐在分子外层形成了一层保护膜，由此形成了地球上最早的细胞结构生命体。拥有保护膜的“LUCA”分子，具有更强的适应能力，逐渐分裂增多，对“RNA”分子形成压制。
于是“RNA”分子渐渐的也进化出了对抗方式，那就是寄生，攻破敌人的细胞膜，打入细胞内部，通过原始的强大的复制扩散能力，由内而外的瓦解敌人。所以说“RNA”分子可以称为第一批病毒。而这第一批病毒恰恰还是地球的原住民生命体。
由此推理看来，病毒反倒好像是被逼的，其他的生物体才是病毒最大的敌人啊！那么到底是先有病毒还是先有细胞呢？就像先有鸡还是先有蛋这个问题一样，至今谁也无法给出有理有据的答案。
二：病毒是细胞产生后的伴生物
可以肯定的是，病毒是寄生于细胞的，有研究表明，有一部分“RNA”分子寄生细胞后，对宿主并不会产生损害，通过不断的适应，从而形成一种共生关系。但这类“RNA”分子毕竟是少数，大部分的“RNA”分子进入细胞后，会攻击宿主细胞功能和基因，从而导致宿主细胞原始功能退化，从本质上彻底改变宿主细胞功能形态，这部分“RNA”分子才被称为真正的病毒体。
而原始的“RNA”分子拥有不同的结构，自身有不同的基因类型，寄生细胞后，有着不同的复制方式，再加上宿主细胞结构也有多种类型，从而导致寄生后宿主细胞基因突变，因此可以产生多种形式存在的病毒体，所以说，只要有细胞存在，那么病毒就存在，而且病毒可以通过寄生细胞主体，不断进化出新的变种。
由此推理来看，只要有生物体存在，病毒就永远不会消失，而且病毒根本就不遵循一般生物的进化演化模式，它浸入宿主细胞后，总能以自己的方式制造出一种新的变种，然后再次释放出去感染其他细胞，而再次感染新的细胞后，还有几率产生出变种，这是一种本质的基因改变，这么看来，现在通常所讲的“转基因”工程，病毒早就玩出花来了。
三：病毒是细胞的叛逃基因
有研究表明，细菌中广泛存在一种名叫“质粒”（plasmid）的小片段环状DNA，这些基因基本上就是一群打工仔临时工，细菌随时可以从环境中吸收它们为己所用，也随时可以赶走它们。
经过漫长的演化，有些“质粒”厌倦了主体招手即来，挥之即去的状态，形成了逆反心理，反过来把主体细菌给劫持了，通过复制扩散自身，摄取主体的营养物质，并改变主体的细胞结构，反客为主，强行改变主体形态，这样在群体中就形成了异类，即，病毒由此便产生了。
而包括人类在内的动植物细胞和细菌不同，我们的细胞中没有细菌那样的“质粒”，但我们自身细胞内的一小部分基因也不能安分守己，在细胞核内不同染色体上横冲乱撞，在生物学上，科学家们把这部分基因片段称为–转座子（transposon）。
这部分转座子拥有和病毒相似的基因序列，而且整合机制也相似，唯一不同的是，转座子不能像病毒一样在细胞之间迁移，通过改变宿主细胞后再次释放去感染新的细胞。但本质上，转座子和病毒一样却在做着同样的事情。所以由此推理来看，病毒是细菌自身衍生出来的产物，而我们细胞中的部分基因片段（转座子）极有可能是偶然留在细胞中的病毒基因。
总的来说，病毒的起源众说纷纭，每一种理论既有合理之处，也有矛盾之点，总之，病毒有着强大的变种能力，毫无征兆的爆发出现，又悄无声息的销声匿迹，病毒这个特殊的存在，独立于生命演化树之外，但始终围绕着演化之树，时不时的对这棵树发起攻击，让人们防不胜防。
总结：人类发展史上，病毒的出现大多都和接触，食用野生动物有关，同样的病毒，寄生在野生动物身上可以共生，但转移到人类身上有可能就是毁灭性的。所以，我个人认为，平时还是尽量少接触野生动物，更不要猎奇，去食用一些另类的野生动物。病从口入，切记！切记！