很明显，Linux在服务器领域优势明显!
目前绝大多数互联网公司采用的都是Linux服务器，可见Windows服务器在服务器领域是处于劣势的，当然操作方便是Windows的一大优势。但整体来说，Linux在服务器领域是全面压制Windows的。具体如下：
1、Linux设计之初，主要的设计理念就是安全、稳定、高效，这些对于服务器来说可谓是重中之重，事实也说明，Linux在安全性和稳定性方面是非常出众的。
2、Linux开源免费，为企业节省相当一部分开支。当然收费版本的Linux提供的服务要更好一些，这就给企业提供了更多的选择。
3、Linux占用系统资源少，这就在大大降低对硬件要求的同时，在更大程度上提升了系统的性能。
4、Linux系统与Apache、nginx等服务器的先天相容性。Linux内核是采用C语言编写的，众多的服务器软件都是采用C语言编写，这就在代码层大大提高了服务器提供服务的能力
综上，Linux服务器要比Windows服务器优势明显。选择系统不能单看安全性，还要考虑很多，比如运行业务需求的环境，单位是否预算充足购买正版系统，售后服务上是否可靠等等。对于运维人员来说，学Linux不代表就不能学Windows了，多学点东西还是很有用的，技多不压身嘛！没必要站队支持哪个系统，都为我所用才是王道。
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目前绝大多数互联网公司采用的都是Linux服务器，可见Windows服务器在服务器领域是处于劣势的，当然操作方便是Windows的一大优势。但整体来说，Linux在服务器领域是全面压制Windows的。具体如下：
Linux设计之初，主要的设计理念就是安全、稳定、高效，这些对于服务器来说可谓是重中之重，事实也说明，Linux在安全性和稳定性方面是非常出众的。
Linux开源免费，为企业节省相当一部分开支。当然收费版本的Linux提供的服务要更好一些，这就给企业提供了更多的选择。
Linux占用系统资源少，这就在大大降低对硬件要求的同时，在更大程度上提升了系统的性能。
Linux系统与Apache、nginx等服务器的先天相容性。Linux内核是采用C语言编写的，众多的服务器软件都是采用C语言编写，这就在代码层大大提高了服务器提供服务的能力
综上，Linux服务器要比Windows服务器优势明显。
从我个人的角度来看，对于不是专业的网络安全维护人员来说，那个简单，哪个就安全。
LINUX系统，全命令操作，如果你不精通，说白了，真被人黑了，黑了哪你都不知道，怎么恢复过来都不知道，谈什么安全呢？
WIN的系统，最起码大家都还有点基础，真要网站被黑了，虽然咱是小白，惹火了，远程登录服务器，卸载IIS，去他X的，还有那么点救。WIN系统起码操作简单，我把网站数据复制一份到其他盘，只要不是整个服务器的控制权被夺取，只是网站被黑，被篡改，随时可以复制粘贴回来正常的，这种要简单高效的多了。
所以对于系统小白来说，我建议还是WIN的系统好点，真要是防护高手，WIN和LINUX各有千秋，咱就不讨论了。
推荐使用ubuntu，不是说Linux没有安全漏洞，但至少大多数的病毒是针对window，安全没有绝对，其实是一种博弈。做好必要的安全措施，不如文件的访问权限等。楼主问题上需要先确认网站使用什么技术开发的，如果是.net+sqlsever只能用win，无奈