库(读XL ) )。
库(通用绘图2 ) ) ) ) ) ) ) )。
库(字符串)
是库(pheatmap )
库(DP lyr ) )。
# #火山图1
部件- ‘ * * * * * * * * *
des-dir (部件，部件=’ .差异分析_结果. xls # 39；recursive=TRUE，full.names=TRUE )。
for (iin 1:长度) (des ) )
叔德斯号航空母舰
lnm-str_split(th，’/’，简单=真)，5 ) ) )。
gp_nm-str_replace(lnm，’ .差异分析_结果. xls|. mrna .第一代_差异分析)
OTP-pastE0(str_split(th，’/’，simplify=TRUE ) [1:4]，收缩=’/’，接收0=true ) )。
数据读取.表(th，标头=真) )。
val – 0.05
if (组(微型核糖核酸(微型核糖核酸) (th ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) )
数据过滤器(数据， 美国航空航天局(数据$日志2文件夹变更)！ 美国航空航天局(数据$增值税) )
data $ SIG-‘否’
data $ SIG [ (数据$日志2文件夹更改0 ) ]数据$变量]-‘向上’
data $ SIG [ (数据$日志2文件夹更改-0) ]数据$价值]-‘下降’
DFT-as .数据帧(表)数据$签名)
data-left _ join (数据、dft、by=c(‘SIG’=’var1′ ) )
data $ SIG _ no-paste (数据$ SIG，数据$频率) ) ) ) ) )。
p-GG图(数据，AES (x=日志2文件夹更改，y=-日志10 ) pval，颜色=SIG _ no ) )
xlab(log2 )文件夹更改) ) ) ylab(-log10 )值) )
labs (颜色=’价值0.05\n|log2文件夹更改|0′ )
gom _ point (尺寸=2，alpha=1) xlim(-max ) ABS )数据$ log 2字体更改(max ) ABS )数据$ log 2字体更改) )
g标题(gp _ nm )面板网格.迷你图=元素空白)，面板网格.迷你图=元素空白)
比例颜色手动(值=c (“蓝色”、“灰色”和“红色”)
添加geom_vline(xintercept=0，lty=2，颜色=’ # 000000 ‘ )虚线
geom _ hline (英特尔=-log 10 (val )，lty=2，颜色=’ # 000000 ‘ )
theme (axis.text=element _ text (尺寸=18 )，axis.title=element_text )尺寸=16 ) )
else if (组(‘ mrna ‘，th ) )。
数据过滤器(数据， 美国航空航天局(数据$日志2文件夹变更)！ 美国航空航天局(数据$帕德j ) )
data $ SIG-‘否’
data $ SIG [ (数据$记录2文件夹更改0 ) ]数据$填充值]-‘向上’
data $ SIG [ (数据$日志2文件夹更改-0) ]数据$填充值]-‘向下’
DFT-as .数据帧(表)数据$签名)
data-left _ join (数据、dft、by=c(‘SIG’=’var1′ ) )
data $ SIG _ no-paste (数据$ SIG，数据$频率) ) ) ) ) )。
p-gg plot (数据，亚洲(x=日志2文件夹更改，y=-日志10 )填充，颜色=符号)
xlab(log2 )文件夹变更) ) ylab(-log10 ) padj ) )
labs (颜色=’ padj 0.05\n|log2文件夹更改|0′ )
gom _ point (尺寸=2，alpha=1) xlim(-max ) ABS )数据$ log 2字体更改(max ) ABS )数据$ log 2字体更改) )
g标题(gp _ nm )面板网格.迷你图=元素空白)，面板网格.迷你图=元素空白)
比例颜色手动(值=c (“蓝色”、“灰色”和“红色”)
添加geom_vline(xintercept=0，lty=2，颜色=’ # 000000 ‘ )虚线
geom _ hline (英特尔=-log 10 (val )，lty=2，颜色=’ # 000000 ‘ )
theme (axis.text=element _ text (尺寸=18 )，axis.title=element_text )尺寸=16 ) )
}
gsave(pastE0 ) OTP，’/’，gp_nm，’.volcano.png ‘，出图=p，宽度=8，高度=8) )
g save (past E0 (第0张，’/’，第8张，第8张，第8张) ) ) ) ) )。
}
# #热图1
des-dir (部件，部件=’读取计数_ TPM ‘，规则=真，完整名称=真) )。
for (iin 1:长度) (des ) )
叔德斯号航空母舰
lnm-str_split(th，’/’，简单=真)，3 ) )。
gp _ nm-str _替换(lnm，)，() )
OTP-pastE0(str_split(th，’/’，simplify=TRUE ) [1:4]，收缩=’/’，接收0=true ) )。
数据读取.表(th，标头=真) )。
row.names (数据) -数据$中央核糖核酸
data – data[，endswith (colnames (数据)，’.tpm ‘ ) ]
数据数据[！ 行和(数据)==0，]
数据(数据，
比例=’低’，
群集_ rows=真，
cluster _ cols=假，
angle_col=45，群集_方法=’平均’，
border_color=NA纳，
legend=F，fontsize_col=20，show _ rownames=假，main=大奖_纳米，
颜色=颜色(红色(白色) ) ) ) dim )数据)1) *dim )数据)2)、
文件名=通过E0 (OTP，’/’，gp_nm，’.heatmap.cluster.png ‘ )，宽度=15，高度=20 )
数据(数据，
比例=’低’，
群集_ rows=真，
cluster _ cols=假，
angle_col=45，群集_方法=’平均’，
border_color=NA纳，
legend=F，fontsize_col=20，show _ rownames=假，main=大奖_纳米，
颜色=颜色(红色(白色) ) ) ) dim )数据)1) *dim )数据)2)、
文件名=通过E0 (OTP，’/’，gp_nm，’.heat地图.集群. PDF ‘ )，宽度=15，高度=20 )
}
# #热图2
des-dir (部件，部件=’.fpkm.xls ‘，文件=真，文件名=真) ) ) )。
for (iin 1:长度) (des ) )
叔德斯号航空母舰
lnm-str_split(th，’/’，简单=真)，3 ) )。
gp _ nm-str _替换(lnm，)，() )
OTP-pastE0(str_split(th，’/’，simplify=TRUE ) [1:4]，收缩=’/’，接收0=true ) )。
数据读取.表(th，标头=真) )。
row.names (数据) -数据$中央核糖核酸
数据-数据[，4:尼科尔(数据) ]
数据数据[！ 行和(数据)==0，]
数据(数据，
比例=’低’，
群集_ rows=真，
cluster _ cols=假，
angle_col=45，群集_方法=’平均’，
border_color=NA纳，
legend=F，fontsize_col=20，show _ rownames=假，main=大奖_纳米，
颜色=颜色(红色(白色) ) ) ) dim )数据)1) *dim )数据)2)、
文件名=通过E0 (OTP，’/’，gp_nm，’.heatmap.cluster.png ‘ )，宽度=15，高度=20 )
数据(数据，
比例=’低’，
群集_ rows=真，
cluster _ cols=假，
angle_col=45，群集_方法=’平均’，
border_color=NA纳，fontsize=20，
legend=F，fontsize_col=20，show _ rownames=假，main=大奖_纳米，
颜色=颜色(红色(白色) ) ) ) dim )数据)1) *dim )数据)2)、
文件名=通过E0 (OTP，’/’，gp_nm，’.heat地图.集群. PDF ‘ )，宽度=15，高度=20 )
}