MIMIC临床数据库使用入门,mimic数据库

MIMIC-IV 一些基本逻辑各模块和table介绍TablesCoreHospICUEDCXRNote 官网及数据库下载网址

在word中更加详细的列出了各table中table所代表的含义以及我在使用中所遇到的问题，可在资源页面进行下载。

一些基本逻辑

病人定义：
subject_id
每个患者有唯一的subject_id
hadm_id
患者的每一次入院会有一个唯一的hadm_id
transfer_id
患者每一次更换病房会有一个唯一的transfer_id
stay_id
在相同类型病房内进行转移，则会更新一个transfer_id，但会有相同的stay_id，例如用ICU中的一个病房转移到另一个病房，则stay_id不变，transfer_id更新。
所有id的分配都是随机的，与时间先后无关。
date and time
后缀为date的，分辨率最低为天；后缀为timed的字段，分辨率最低为分钟。
charttime and storetime：分别是测量的记录时间与储存时间。通常以charttime为准
d and icd
命名为d_开头，为编码表。d_icd开头，为icd编码表。icd结尾的表，为使用icd编码的记录表。

各模块和table介绍

在word中列出了各table中table所代表的含义以及我在使用中所遇到的问题，可在资源页面进行下载。

Tables

分为六个模块，Core、Hosp、ICU、ED、CXR、Note

Core

Core模块包含患者跟踪数据。这里描述了人口统计、入院信息和住院病房转院情况
admission
患者入院信息，以每次入院为单位记录，每条记录有一个单独的hadm_id
patient
患者信息
transfers
病房转移信息

Hosp

Hosp模块涵盖的信息包括实验室测量，微生物学，药物管理，和收费诊断等

d_icd_diagnoses
包含国际疾病分类(ICD)第9版和第10版的诊断代码。icd_code一定要读取为字符串，因为开头为0是有意义的，若读取为数值会有重复，如01622和1622代表不同疾病。
diagnoses_icd
患者诊断信息表。seq_num代表诊断的优先级，序号越靠前越重要，而低优先级的排序有时并不准确。drgcodes
也是与诊断相关的表，使用Diagnosis Related Group(DRG) code.编码，与diagnose表中的主要诊断相对应。
d_icd_procedures
procedures_icd
患者住院期间的手术信息，包括在ICU期间的信息。
d_labitems
实验室检查定义表
labevents
病人实验室检查的记录
prescriptions
处方数据，药物数据
pharmacy
药房数据表，以pharmacy_id字段与prescriptions表相关联，相当于对prescriptions表中各处方信息的补充。
此外，还有微生物培养、收费、订单等表格

ICU

包含从ICU内使用的临床信息系统收集的信息。记录在案的数据包括静脉给药、呼吸机设置和其他图表项目等。
每个患者每次入院可能有多次icu，每次icu对应一个stay_id
d_items
包含ICU内发生的所有项目的编码，通过itemid字段与ICU模块内的其他表格关联。
ICU stays
入住ICU的时间信息
chartevents
Chartevents包含了一个病人可用的所有图表数据，有些lab数据与labevents表中的数据重复。

急诊信息，包含急诊诊断，病人体征等信息。通过subject_id和hadm_id与其他模块相连接。急诊的患者如有hadm_id，则说明该患者住院治疗。ed患者不一定住院，住院的患者也不一定从急诊入院。
diagnosis table
诊断表为患者提供诊断列表。从急诊科出院后确定诊断。
edstays table
急诊科来访的主要跟踪表。它提供了病人进入急诊科和离开急诊科的时间
medrecon table
在进入急诊室时，工作人员会询问病人目前正在服用什么药物。这个过程被称为药物协调，医疗检查表存储了护理人员的调查结果
pyxis table
提供了通过pyxis系统配制药物的信息。
triage table
包含病人在急诊室第一次分诊时生命体征信息
vitalsign table
急诊室收治的病人常规的生命体征需要1-4小时。这些生命体征保存在生命体征表中
vitalsign_hl7 table
急诊收治的病人可通过遥测技术进行监测。每分钟的生命体征都被传送到医院的中央服务器，这些生命体征都被记录在这里。

CXR

X光胸片文件，源数据是dicom格式，但也提供了jpg格式的下载。包含了胸片及影像学报告。值得注意的是，存在有影像的患者没有住院记录的情况。
cxr-record-list
影像列表
cxr-study-list
影响报告列表
mimic-cxr-2.0.0-chexpert
使用CheXpert labeler（基于影像学报告的非人工标注，斯坦福与麻省理工合作）标注了14个标签，标签如下表
mimic-cxr-2.0.0-split
提供了参考的训练集、验证集、测试集划分

Note

官方还未发布
(NOT PUBLICLY AVAILABLE): 所有文本报告，出院、超声、心电、影像等报告

官网及数据库下载网址

官方介绍见 MIMIC官方网站
MIMIC-IV 数据库下载见 MIMIC-IV发布页
X光胸片dicom格式数据下载见 MMIC-CXR Database
X光胸片JPG格式数据见 MIMIC-CXR-JPG
急诊数据见 MIMIC-IV-ED