今天我要向大家介绍两个数据库: NCBI和uniprot。 一般来说,想知道某种蛋白质的信息时,要从这两个数据库中查找。
国家生物技术信息中心(NCBI )当然只听其名。 其中有数据库,还提供了各种检索工具。 中的信息广泛的资源工具丰富,真的需要很长的时间来研究。 今天主要介绍从这个数据库中发现目标基因的方法。
1 .首先打开官网,在搜索框前面的选择框中选择“gene”,在后面的搜索框中键入“CD47”,点击search
2 .可以在弹出的新页面中查看搜索结果。 你可以在这里看到各种相关基因的链接。 这里选择单击CD47molecule[HomoSapiens(Human ) ]
3 .在弹出的网页上可以看到这种蛋白质的概要
4 .往下拉,可以看到基因信息、染色体上的位置、表达分布、相互作用、蛋白质和mRNA的序列等其他信息。 这里隐藏了所有的信息,只显示标签,有兴趣的人可以自己点击查看。 另外,里面的信息可以看引用文献。
这是基因信息和染色体上的位置
表现分布。 上面的复选框是数据源
PubMed中的文献及蛋白质功能相关文献
mRNA和蛋白质序列
5 .接下来我们来看看mRNA序列。 可以看到序列号、长度、相关文献等。
为了能看到mRNA上每个区域的划分、外显子、编码区域、氨基酸序列等,会持续下降。
7 .点击前面的“CDS”,最后的序列中就会看到编码靶蛋白质的核酸序列。 点击fasta可以下载序列。
uniprot这个名字是通用蛋白质的英文缩写,介绍信息丰富的蛋白质数据库。
1 .同样搜索“CD47”这种蛋白质吧。
2 .下面是这一页跳出的结果。
中间的表包括蛋白质的标签、蛋白质和基因名称、是否人工注释(黄色标签)、属种等。
3 .在这里,选择第3个“CD47_HUMAN”。 紧挨着跳跃的网页有蛋白质名基因名和属种。
页面的左侧是整个网页的目录,其中包含有关该蛋白质的所有信息,包括功能、细胞定位、PTM、交互、高级结构、序列和其他数据库的链接。
这是蛋白质细胞定位和序列的域
这是蛋白质的结构信息,点击后面的链接,可以在RCSB数据库中查看详细信息。
以下为序列信息,包含4个可变拼接体。
以下是关于该蛋白质的其他数据库的信息
以上就是今天的分享。 周边很多人主要没听说过蛋白的信息,或者没想到找的时候会去看蛋白的信息。 如果在阅读文献之前能够搜索这些数据库,大致了解蛋白质的信息,在阅读文献时就会在心中计数。
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中间的表包括蛋白质的标签、蛋白质和基因名称、是否人工注释(黄色标签)、属种等。
3 .在这里,选择第3个“CD47_HUMAN”。 紧挨着跳跃的网页有蛋白质名基因名和属种。
页面的左侧是整个网页的目录,其中包含有关该蛋白质的所有信息,包括功能、细胞定位、PTM、交互、高级结构、序列和其他数据库的链接。
这是蛋白质细胞定位和序列的域
这是蛋白质的结构信息,点击后面的链接,可以在RCSB数据库中查看详细信息。
以下为序列信息,包含4个可变拼接体。
以下是关于该蛋白质的其他数据库的信息
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