从目前流行的操作系统来看，常用的分区格式有：FAT16、FAT32、NTFS和Ext2。
FAT16：
是MS-DOS和最早期的WINDOWS 95操作系统中使用的硬盘分区格式，采用16位的文件分配表，是目前获得操作系统支持最多的一种磁盘分区格式，几乎所有的操作系统都支持这种分区格式。但它只支持2GB的磁盘容量而且磁盘利用效率低。一个FAT文件系统，包括四个不同部分：保留扇区，位于最开始的位置。第一个保留扇区是引导区（分区启动记录）。它包括一个称为基本输入输出参数块的区域（包括一些基本的文件系统信息尤其是它的类型和其它指向其它扇区的指针），通常包括操作系统的启动调用代码。保留扇区的总数记录在引导扇区中的一个参数中。引导扇区中的重要信息可以被DOS和OS/2中称为驱动器参数块的操作系统结构访问。FAT区域。它包含有两份文件分配表，这是出于系统冗余考虑，尽管它很少使用，即使是磁盘修复工具也很少使用它。它是分区信息的映射表，指示簇是如何存储的。根目录区域。它是在根目录中存储文件和目录信息的目录表。在FAT32下它可以存在分区中的任何位置，但是在早期的版本中它永远紧随FAT区域之后。数据区域。这是实际的文件和目录数据存储的区域，它占据了分区的绝大部分。通过简单地在FAT中添加文件链接的个数可以任意增加文件大小和子目录个数（只要有空簇存在）。然而需要注意的是每个簇只能被一个文件占有，这样的话如果在32KB大小的簇中有一个1KB大小的文件，那么31KB的空间就浪费掉了。例外情况
FAT32：
采用32位的文件分配表，突破了2GB的限制。与FAT16相比，极大地减少了磁盘的浪费，提高了磁盘利用率。缺点是运行速度比采用FAT16格式分区的磁盘要慢，而且DOS和的WINDOWS 95不支持这种分区格式。
NTFS：
优点是安全性、稳定性非常出色，使用中不易产生文件碎片。并且能对用户的操作进行记录，通过对用户权限进行严格限制，使每个用户只能按照系统赋予的权限进行操作，充分保护了系统与数据的安全。WINDOWS 2000、WINDOWS NT以及WINDOWS XP都支持这种分区格式。NTFS可以支持的分区大小可以达到2TB，2.NTFS采用了更小的簇组，可以更有效率地管理磁盘空间。NTFS文件系统，当分区的大小在2GB以下时，簇的大小都比相应的FAT32簇小，当分区的大小在2GB以上时，簇的大小都为4KB。在FAT32文件系统的情况下，分区大小在2GB～8GB时簇的大小为4KB，分区大小在8GB～16GB时簇的大小为8KB，分区大小在16GB～32GB时簇的大小为16KB。相比较而言，NTFS可以更有效地管理磁盘空间，最大限度地避免了磁盘空间的浪费
Ext2/Ext3：
是Linux中使用最多的一种文件系统，专门为Linux设计，拥有最快的速度和最小的cpu 占有用率。Ext2既可以用于标准块设备（如硬盘），也被应用在软盘等移动存储设备上。Linux的磁盘分区格式与其它操作系统完全不同，其C、D、E、F等分区的意义也和WINDOWS操作系统下不一样，使用Linux操作系统后，死机的机会大大减少，但是目前支持这一分区格式的操作系统只有Linux。
在ext2文件系统中，文件由inode（包含有文件的所有信息）进行唯一标识。ext2文件系统采用三级间接块来存储数据块指针，并以块（block，默认为1KB）为单位分配空间。每个ext2文件系统都必须包含一个超级块，其中存储了该文件系统的大量基本信息，包括块的大小、每块组中包含的块数等。