尼尔-灵魂体/复制体
故事就来到《尼尔・灵魂体/复制体》（以下简称NR），本作分为PS3版本与XB版本，PS3版本为《尼尔・复制体》，XB版本为《尼尔・灵魂体》，两者内容基本一样，只是主人公一个是妹妹的哥哥，一个是妹妹的爸爸，并不影响主线剧情。
上图为《尼尔・复制体》封面
在讲述DOD的E结局后NR的故事展开之前，我们需要一份年表，这份年表来自官方资料集，算是对DOD和NE故事之间的补充，同样在《尼尔机械纪元》中，玩家可以收集到大量的资料，比如盖斯特塔鲁特计划01/02/03之类。那么这份所谓的盖斯特塔鲁特计划是什么东西呢？游戏中随处可见，但又不能得其全貌，只能暗暗之中感到是十分重要的东西。
在讲述之前，有必要统一下两个词汇，也是始终贯穿DOD与《尼尔机械纪元》各种文献之中。盖斯特塔鲁特，日文原文ゲシュタルタント，英文gestalt，本意为形态，结合游戏中赋予的含义，意为完全形态／灵魂体。莱普利肯特，日文原文レプリカント，英文replicant，本意为复制，结合游戏中赋予的含义，意为复制人／复制体／伪装者／人工生命。虽然完全形态和人工形态作为计划时候更加顺口，但是灵魂体／复制体更为通俗易懂。
这份年表涵盖了2003年～11945年，而NR的故事开始于2053年，但是游戏内除了短暂的开头交代了下2053年一个事件后，直接跳转到了3465年（XB版本设定是3361年，并无影响）。因此我们在回顾NR的故事之前先回顾下年表。
2004年
从异世界而来称为“始祖”一样的存在的「白盐化症候群」疾病，通过空气传播在世界中扩散。感染此病的人，要么凶暴化，要么变为盐桩100%致死。虽然此时病因还未查明，但已基本确认两者有着必然的联系。同时日本政府迁移，国会和皇室却未迁移。虽然此段时间政府对病因进行了研究却没实质进展，随着军队与警察的驱逐，凶暴化的人类也逐渐减少。
为了控制一步步严重化的事态，新宿从交通停运到封锁道路，最终政府建起了「耶利哥之壁」在物理上封锁新宿。有人冒险闯入新宿拍下了出现白色巨大生物的影像，卫星图片也显示新宿有未经确认的黑点。
红龙尸体在此期间也发生了抢夺事件，虽然通过军队平息了此事，但有传闻背后是北美等国家操纵。
2008年
耶利哥之壁被从内部被破坏，破坏的原因虽然未经具体确认，但确认了声音与2003年6月12日白色巨人首次出现在新宿时的巨人发出的声音一样。由于感染地区从新宿扩大为关东圈的，，日本政府包括皇室在内全部迁往南部的九州。
红龙尸体及其研究所也被转移，但未表明转移地点，一般认为是美国。
凶暴化的人类之中出现了具有领导指挥机能的「红眼」。在红眼的指挥下，人类陷入与凶暴化人类的苦战。
在日本政府无力对抗凶暴化人类之时，迫于世界其他政府压力，与美国签订了军事协议。由于美国的参入，人类一方暂时占据了优势，美国也因此获得了凶暴化人类尸体用于军事研究，但研究也未能发现有效对抗的手段。最终日本与美国决定对新宿实施核打击，核打击的结果是使新宿变为「零点区域」，日本全国其他地区也相继实施核打击，日本国内的凶暴化人类与红眼全部死亡。人类与凶暴化人类的战斗暂时告一段落。
2010年
本该被已经消灭的凶暴化人类再次出现在世界各地，随后红眼也被确认仍然存在，世界陷入恐慌之中。
基于红龙尸体的研究，确认了平行宇宙学说，也就是其他多元世界的存在得到证实。2003年的巨人带来了来自异世界的粒子「魔素」，魔素是在不同世界中保存、传递能量的粒子，也就是《尼尔机械纪元》曾提到的「魔素」。而白盐化症候群就是因为魔素，感染可以通过空气传播。同时研究也发现之前的核攻击无法消灭魔素，反而将魔素传播向全世界。（实施上魔素并非感染，而是来自神的诅咒，同意成为神的仆人将人类导向毁灭，或不同意则会发生白盐化变为盐桩，从而导致100%的死亡，但在此时尚未解明）
红龙尸体研究所被攻击，红龙尸体彻底下落不明。
基于魔素的研究，人类发现了抽出灵魂的方法，作为人类对抗白盐化症候群的最终手段，此计划命名为「灵魂体计划」。同时让灵魂返回原本人类肉体的实验也成功了。
基于对魔素的研究，发展出了吸取其他世界的能力，无中生有的技术，也就是魔法，在《尼尔机械纪元》的艾米尔一战中协作机器人曾提到过的魔法即为此种技术。但是运用此种技术，必须是拥有龙的培养组织，也就是拥有龙的肉身的灵魂体。
虽然想利用灵魂体对抗凶暴化的人类，但以失败收场，灵魂体技术也受到过多人的反对而基本中止。
2016年
能抑制白盐化症候群的药物「萤火素酶」被发明了出来。利用这种药物，人类组织了讨伐凶暴化人类的军队「十字军」与领导机关「哈默尔恩」，因为药物对年轻人尤为有效，所以军队中成员以孩子与青年居多。从此人类展开长期与凶暴化人类的拉锯战。同时世界也因为战斗变得经济和环境更为糟糕，拥有更多孩子的国家则变的更有国际话语权。
国立兵器研究所也在这段时间内成立，研究魔素用于兵器上的可能性，研究所作为最高机密，在政府内部代号为“紫”。
2025年
虽然很早就掌握了灵魂体抽离并返回人类肉身的技术，但是肉身的保存问题一直未能解决，因此开发了复制体技术。复制体技术是将灵魂体信息化，以此为基础人工培养出拥有完全一样形态的肉体容器，而复制体并没有生殖能力。复制体技术作为灵魂体计划的重要一环而继续研究。
为了对抗凶暴化人类、即白盐化症候群，在国立兵器研究所上建立了洋馆用于伪装，完成了「实验兵器6号」的基础研究。实验体为艾米尔的姐姐哈露娅，但是启动实验却以失败收场。
2026年
在国立兵器研究所的「实验兵器7号」开发并启动成功，出于保密的原因对1～5号进行了废弃处理，而6号遭到封印。6号7号作为对抗白盐化症候群的有效手段被添加加入灵魂体计划。也因为明确了魔素对人体的危害，研究所被大幅削减。
2030年
由哈默尔恩机关指挥的第十三次十字军，在耶路撒冷消灭了最后一只红眼，失去了红眼领导的凶暴化人类也不再具有太大的威胁。虽然凶暴化人类的问题暂时得到缓解，但是白盐化症候群仍然在世界上肆虐。
2032年
灵魂体计划向公众展示，并且上流社会一部分人已经灵魂体化。在《尼尔机械纪元》有所补充，一般公众虽然乐观接受此事，但仍然有不少人对此计划还是相当抵触，政府因此也设立了宣传部解决对应问题。
所谓灵魂体计划是创建复制体系统，可以半永久的把人类灵魂体化，并且制造出对应的复制体。所有的复制体的潜意识之中都被设定为拥有两项重要目的：讨伐凶暴化人类与维持复制体系统。作为灵魂体计划的最终阶段，全部人类将灵魂体化，灵魂体化的人类进入沉睡模式，一直等待世界被净化为没有魔素的一天再返回复制体，在此期间世界将被交给复制体，由复制体来清除凶暴化人类与维持系统运作。而实际因为高昂的费用，只有部分人灵魂体化，其他人只能服用药物抵抗白盐化症候群。
同时人类开发了高性能的「人造人」，拥有机械身体构造与AI人工智能，《尼尔机械纪元》的主角们则是用机械生命体核心代替了AI人工智能。人造人作为复制体系统的管理者，同时负责复制体的循环利用（复制体没有生殖能力）与管理监视，因为复制体拥有与灵魂体完全相同的基因，因此也可能患有各种未知的疾病。可以说整个人类的过去、未来、知识、命运，都被托付给了人造人。而此时的人造人就是与《尼尔机械纪元》双子姐妹同型号的提波儿与波波儿。
为了达到世界净化这一目的，哈默尔恩机关、人造人、复制体从上而下三层势力关系，不停的重复做两件事：驱逐消灭凶暴化人类，将魔素回收归还进异世界，以达到净化的目的，也就是世界上再没一粒魔素，也就再不会有凶暴化，或者白盐化的可能。（把魔素归还异世界这个伏笔很大，结果也很严重，暂且不表）。
同时，在灵魂体之中出现了失去自我的崩坏体，这也是NR中提到的魔物。
2033年
人类向书一样的容器灌入灵魂体，制造出「黑之书」「白之书」等十三本书，当黑之书与白之书同时启动之时，产生的巨大能量可使灵魂体强制返回复制体之中，这也就是「黑之书计划」。白之书作为黑之书的启动确认系统，同时启动白之书又需要收集被称为“未知章节”的部分。
同时开始开展开对崩坏体的研究。
2034年
沉睡模式开始运行，灵魂体计划正式启动。
2039年
发现了完全成功的例子，也就是说完全灵魂体化的人类。
2053年（XB版为2049年）
从这里开始开始涉及NR的故事主线，但是作为伏笔，在游戏中这段并没有交代的十分清晰。
崩坏体话的研究取得了一定的突破，原因被认为是复制体的扩张与灵魂体化的不稳定造成的，因为灵魂体计划最初并没有料想到复制体会反过来影响灵魂体。根据分析，要使灵魂体变的稳定，需要从变为灵魂体后仍然稳定的个体中抽取魔素。
哈默尔恩机关组织为了寻找这种特殊的个体，将黑之书的特殊版本免费提供给穷人们以骗来实验，其中就包括NR的主角尼尔（以下简称尼尔（灵））与其妹妹尤娜（以下简称尤娜（灵））。在实验过程中因为周围的人相继变为崩坏体，出于恐惧兄妹两人从哈默尔恩机关组织逃了出去。但是两人却在新宿遭到了崩坏体的攻击，在危机关头尼尔（灵）选择了灵魂体化，成为了完全成功的灵魂体保有了自我意识，而妹妹灵魂体化却变为了崩坏体。
哈默尔恩机关与尼尔（灵）达成协议，只要尼尔（灵）能持续提供能保持灵魂体稳定的魔素，机关就答应冷冻尤娜，等1000年后世界被净化尤娜就能得救。尼尔（灵）同意了协议，成为了「原种灵魂体」。原种灵魂体相关文字在《尼尔机械纪元》的灵魂体计划报告书中也有提及。
此时世界中还存在少数人类，如兄妹一样没钱进行灵魂体化而只能吃药对抗白盐化症候群的人。
2764年
保持系统运行与回收魔素的复制体们产生了自我意识，并且迅速成长拥有成人般的思维。
3000年
所有的复制体都拥有了自我意识，并且这种意识与灵魂体无关。世界文明进化为中世纪，这些都是人造人故意而为，为的是在文明中“饲养”复制体，以等待世界被净化的那一天。
3276
随着复制体对世界进行净化，一方面收集魔素，一方面消灭凶暴化人类。一个复制体青年闯入了禁地耶路撒冷，青年的目的是让恋人复活，在尸骨之中恋人复活了，但是拥有一双红色的眼睛，失去自我意识的恋人杀死了青年，红眼再次领导了凶暴化人类。（这次红眼复活和DOD中的“再生之卵”是否有关联有待确认）
3287年
得到红眼领导的凶暴化人类再次具有毁灭性的威胁，复制人的世界频临灭亡。
危急关头，由1个人造人和4个复制人组成的团队（人造人是瓦鲁德雷、人造人是凯姆、莱奥纳德、阿里奥修、系尔）消灭了红眼和全部凶暴化人类，并把所有的魔素归还到异世界中，世界被净化完成。
3288年
由于世界被净化，作为灵魂体计划的最后一环，灵魂体们从沉睡模式中醒来。但是被已经拥有自我意识的复制体视为妄图夺取自己肉体的「魔物」。但是在人造人支配力量较强的地区，复制体还是听从了指示，部分灵魂体回归到复制体之中，变回了人类。
3300年
为了强制实现灵魂体计划，灵魂体们将希望放在了黑之书上。
尼尔（灵）发现就算这样一直提供魔素下去，自己的妹妹尤娜（灵）也并不会得救。
同时即使吸收了尼尔（灵）的魔素，灵魂体们也开始变为崩坏体。
3465年（XB版为3361年）
尼尔（灵）为了让尤娜（灵）回归复制体，取得了黑之书。
提波儿与波波儿按照程序设定认定尼尔（灵）为救世主，听从其指令。
在提波儿与波波儿的诱导下，复制体尼尔（以下简称尼尔（复））取得了白之书，并收集“未知章节”。
失去耐心的尼尔（灵）强夺尤娜（复），打算让自己和妹妹都回归肉体。
3470年
在魔王之城，尼尔（灵）与尼尔（复）展开战斗，而《尼尔机械纪元》就是承接其结局的故事。
3473年
尼尔（复）再次被创造，但是旧东京管理区域的服务器消失了。
34XX年
尤娜（复）因为黑文病死亡。《尼尔机械纪元》出现了相关记录加以印证。
34YY年
由于原种灵魂体的丧失，整体灵魂体崩坏了。
34ZZ年
由于复制体系统的停止，最后的复制体死亡了。
4198年
人造人摸索复活人类的计划失败，最后一个灵魂体消失，人类灭亡。
一部分复制体的遗传基因信息被保存在月球上的服务器。
5012年
外星人入侵。并创造出了机械生命体。
5204年
人造人从卫星轨道开始实施地球降下作战。
此后近6000年的时间内，人造人展开了与外星人长期的战斗。
随着机械生命体的进化，机械生命体将外星人灭绝。
人造人为了隐匿人类已经灭绝的事实，伪造了尤露哈计划，并为此设立了尤露哈部队。
11942年
高性能人造人“9S”投入实战。
11945年3月10日
第243次降下作战。
下面让我们来正式回顾下NR的剧情与结局。
游戏的开始动画是新宿的坍塌废墟之中，尼尔（灵）与尤娜（灵）相依为命勉强生存下来，最终2人灵魂体化，尼尔（灵）同黑之书签订了契约，也成为了后来的魔王（游戏最终BOSS）。
光阴似箭，游戏来到了1300多年后，世界也变为中世纪风格。尼尔（复）与尤娜（复）登场，两人安静的生活在田园之中，其实也就是未来的东京。尼尔（复）从同村的提波儿与波波儿手中接受委托，为了生计四处奔波。同时世界被称为魔物的谜之生命体威胁，妹妹尤娜（复）也患上了被称为黑文病的不治之症（黑文病的病因是复制体对应的灵魂体出现崩坏后所反映的现象）。
尼尔（复）为了寻找治疗妹妹的方法踏上了未知的旅途。旅途中遇到并结识同行的同伴，有会说话的白之书，被魔物侵入半个身体的女性安妮，以及拥有石化之目的少年艾米尔。在旅途中一行人一面寻找着治疗黑文病的方法，一面得知了魔王的存在。而此时魔王夺走了尤娜（复），安妮也为了封印崩坏体而将自己石化。
之后的5年里，少年成长为青年，在此期间，艾米尔因为提波儿与波波儿的委托去调查某个地下古代兵器，其实那个兵器就是实验体6号、艾米尔的姐姐哈露娅。最后艾米尔与哈露娅合体，变为骷髅的外貌，也就是《尼尔机械纪元》中艾米尔的头部造型，但也因此获得强大的魔法力量。最后一行人仍然为了夺回尤娜（复）再次站在了魔王的面前。
在NR故事的结尾，同样分为了多种结局，其中删存档的D结局也就是《尼尔机械纪元》所承接的结局。
在这个结局中，提波儿与波波儿被一行人击败，而波波儿发动了黑洞打算与众人同归于尽，艾米尔牺牲了自己中和了黑洞。随后尼尔（复）与安妮一起挑战魔王。结果是尼尔（复）战胜了尼尔（灵），而尤娜（灵）因为不忍夺去尤娜（复）的身体，甘愿走到阳光之下（灵魂体被阳光照射到就会消失），尤娜（复）也因此恢复了自我意识。本该因欢乐结局收场，但安妮却因为身体内的魔物暴走，尼尔（复）甘愿消除自己的存在以帮助安妮。从此安妮从魔物的魔爪中得到解脱，但是尼尔（复）变为从来就不存在的事实。尤娜（复）认为是安妮救了她，众人也都不再记得尼尔（复）的存在，尼尔（复）所做的所有事情都变为安妮所做，包括打倒魔王。只有安妮会自言自语“似乎失去了什么重要的东西”，在《尼尔机械纪元》的艾米尔任务「艾米尔的回忆」中，艾米尔看到月泪花后也会说出相同的话（尤娜头上戴的就是月泪花）。
上图为D结局
事实上无论任何结局，对《尼尔机械纪元》来说都是一样的，因为有以下几样事实决定了《尼尔机械纪元》的世界观：
（1）本来世界是按照人类的灵魂体计划得到拯救，但是由于尼尔（复）破坏而失败，虽然D结局尼尔（复）的存在被替换成了安妮，但是无论怎样，白之书与黑之书消失了，管理人类灵魂体的魔王、提波儿与波波尔姐妹也都消失了，计划失败的人类都注定灭亡。
（2）复制体本来是由提波儿与波波尔来从茧中创造，没有提波儿与波波儿，本来就没有生殖能力的复制体也无法回收利用，也注定了灭亡。
（3）由于安妮的破坏，提波儿与波波儿也被击破，人造人也失去了相应的生存技术。
以上为NR故事结束为止大体概述，但是随着《尼尔机械纪元》故事的展开，原本确认的事却出现了蹊跷之处。
（1）提波尔与波波尔虽然在NR中只有一对，作为旧东京管理区区域的管理者。但是在《尼尔机械纪元》文件描述中却有很多。而且两者并非相同一对。而且可以得知的是故意留下一对并让其有深重的罪孽感。让人不得不猜测在整个事件中哈默尔恩机关／提波儿与波波儿／复制人这一体系，处于最顶端的机关到底留了几手。
（2）尼尔（复）在随后还被再次创造了出来。
（3）4198年人类最后一个灵魂体消灭灭亡，5012年外星人入侵，最初与外星人战斗的是艾米尔仍。之后就是一下跳跃到《尼尔机械纪元》所在11945年，之间空白期之大难以想象没发生什么。
（4）哈默尔恩机关，世界净化组织，在背后担当了什么样的角色，外星人、机械生命体又是哪来的，虽然NR中也存在机械生命体，并且敌视人造生命体。
就像NR没有年表补充很难理解一样，《尼尔机械纪元》没有对应的年表，恐怕也有很多细节无法确认。
下文单独针对《尼尔机械纪元》做一些补充性解说。