公积金逾期补交有两种方式，并且与所选的公积金扣款方式有关：
1、扣款方式是账户优先的，一般是由用户所在公司代为缴纳公积金，此时可以等待公司补交，也可以由用户自行将款项存入还款账户中，后期银行会自行扣款；
2、扣款方式是银行卡优先的，用户可以直接把款项存入还款银行卡内，再由银行自行扣款。
逾期公积金贷款还款补交注意事项
1、逾期补交公积金后，会被收取一定数量的违约金，同时会产生每日大约万分之五的罚息；
2、超过公积金贷款还款日，即便是当天扣款成功也会被记作逾期，若是贷款所在银行将记录上报至中国人民银行的征信上，即使后续还清了一切欠款，不良信用记录也依然存在；
3、个人因逾期缴纳贷款产生不良信用记录的，以补交贷款及违约金成功的当日算起，记录会保存五年再自动消除。