少于一手，即少于一个完整买卖单位的证券，香港市场称之为“碎股，联交所的交易系统不会为碎股进行自动对盘交易，但在系统内设有“碎股／特别买卖单位市场”供投资者进行碎股交易。联交所参与者可在交易系统的指定版页挂出碎股买卖盘，供参与者自行挂盘配对。参与“港股通”业务的内地投资者对于碎股，只能卖出，不能买入。
除此之外，港股通还存在以下的交易规则：
1、在收市竞价交易时段未实施前，所有“港股通”股票的收市价按照持续交易时段最后一分钟内五个按盘价的中位数计算。系统由下午3：59分整开始，每隔15秒录取股票按盘价一次，共摄取五个按盘价。
2、投资者买卖“港股通”股票，当日买入的股票，经确认成交后，在交收前可以卖出。
3、投资者买卖“港股通”股票禁止裸卖空。
4、投资者买卖“港股通”股票不得参与香港市场的对盘系统外交易（类似于大宗交易）。