1.颜色标识不同。红色标识OTC是甲类OTC，绿色标识OTC是乙类OTC。
2.销售途径上不同。甲类药只能在药店进行销售，而乙类药的销售途径比较多，不仅可以在药店销售，经过药监部门批准的具体商业性质的商店也能进行零售。
3.报销比例不同。甲类药品可以按照报销比例100%进行报销，而乙类药品则需要参保人员自付一部分。
4.价格水平不同。甲类药品是国家统一制定的，其价格相对于同类药物的价格较低。而乙类药品的价格虽是国家制定，但地方可适当进行调整，相对于同类药品中的甲类药品来说价格更高。
医保在报销时，药品目录中的药品分为“甲类”和“乙类”。甲类药品是临床治疗必需、使用广泛、疗效好，同类药品中价格低的药品，比如常见的感冒咳嗽药、止痛药、胃肠病药等都属于甲类药品范围。参保人使用这类药品时，可以全额纳入报销范围；乙类药品是可供临床治疗选择使用、疗效好，同类药品中比甲类药品价格高的药品。参保人使用乙类药品时，要先按比例（各地不同）扣除一定的个人自付费用后，将余下费用再纳入报销范围，按规定比例报销。