大家好,今天来介绍OMIM数据库使用教程(如何确定一个基因含有几个内含子)的问题,以下是渲大师小编对此问题的归纳和整理,感兴趣的来一起看看吧!
怎么确定一个基因有多少内含子多少外显子
在NCBI上的OMIM数据库输入基因名,在TITLE上就会显示它的学名。
用学名检索基因是比较靠谱的。建议用ENSEMBL找基因,显示其外咐答显子和内含子。进入ENSEMBL的方法有两种,1.NCBI上进衡凳慧入基因的检索条以后,summary里会有相应的ENSEMBL的链接(see related);2.直接进入ENSEMBL主页检索该基因。进入基因的检索条以后,点粗茄左侧的CDNA和EXONS就能相应地看到转录本的注释信息,包括外显子和内含子的注释,5‘和3’UTR的注释,和密码子的注释。
如何在NCBI上查到某个给定基因的序列并且在序列中清楚的显示出其中的外显子和内含子
1、首先输入基因的完整学名,找到与基因相关的cDNA序列。在这一cRNA序列的解说信息里,就已经有各外显子的分肆备逗节。
2、将该cDNA输入Blast进行序列比对,就可以找到其每一个外显子所对应的染色体位置裂卖,这些信息就显示了所有的外显子。处于外显子两端的序列就是内含子。
3、如你需要完整的基因序列,需要在blast中选择others这个数据库,然后查找相关的Bac质粒中滚唯含有你完整基因的文件,在其中找到你所需的信息。
在NCBI上怎么找到一个基因的外显子和内含子
事实上,在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子,当然还有UTR区域。今天我们来介绍NCBI的其中一个使用软件Splign来在NCBI上找到一个基因的外显子和内含子。操作步骤如下:
1.在Gene数据库,填入基因名HNF-4,我一般的话习惯叫Symbol,每个基因都有个Symbol,即基因名。
2.我们来mouse的HNF4基因来作为今天的例子。Symbol会随着版本的升级而变化,当然,以前使用过的基因名也会保留着。而Symbol会对应一个GeneID,无论Symbol如何中巧改变,GeneID是唯一的。这个ID是非常重要的。在这个页面,我们将看到HNF4基因的结构图,从图中给出的信息可以看出,HNF4基因有10个外显子。蓝色部分是UTR区,显示在5’端有一皮慧小段序列和3’端有一大段序列是UTR。
3.在HNF-4基因的RefSeq区域,我们将可以看到这个基因的参考序列,有mRNA和基因组的。这个区域不一定每个基因都有。NM_开头的序列都是参考序列。
4.接下来我们进入Splign的online界面,你可以通过mRNA和基因组的Accession或是它们Fasta格式的序列进行对比,要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择,一般常用的生物都在。
5.结果一目了然,10个外显卖握键子,而且还显示mRNA以及对应的基因组比对的序列,并且还可以知道某个外显子在mRNA序列上的区域。就连UTR区的序列也知道了。
怎样在OMIM数据库中查找与某种疾病有关的基因急用谢谢
你直接上OMIM搜索GBM就是,下坦亏面就出来了跟它相关的基因啊
然后点出来的戚铅基因,让仔神里面会有一些注释的