emboss 简介

  • Emboss（The European Molecular Biology Open Software Suite）该软件包源于1988年开始开发的EGCG系统，是一个开放源代码的序列分析软件包。该软件包含160多个小型程序，涵盖序列比对、快速数据库搜寻序列、蛋白质模序及结构域分析、表达序列标签(EST)分析、核酸序列分析(例如CpG岛的识别)等多个领域。

emboss功能

  • 序列比对
  • 快速搜索数据库
  • 蛋白质模块分析
  • 核苷酸序列分析，包括寻找CpG岛，寻找重复
    序列等。
  • 小基因组的编码区分析，如寻找开放阅读框，
    寻找EST等。
  • 序列模式识别与翻译

安装emboss 6.5.7

安装plot 4.4

  • wget http://nchc.dl.sourceforge.net/project/gnuplot/gnuplot/4.4.0/gnuplot-4.4.0.tar.gz
  • tar zxvf gnuplot-4.4.0.tar.gz
  • cd gnuplot-4.4.0
  • ./confugure
  • make
  • sudo make install

安装emboss依赖

  • sudo yum install libX11-devel
  • sudo ln -s /usr/lib/libX11.so.6 /usr/lib/libX11.so
  • sudo yum install libpng-devel
  • sudo yum install dvipng
  • sudo yum install libpng-devel

安装emboss

  • wget ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/old/6.5.0/EMBOSS-6.5.7.tar.gz
  • tar -zxvf EMBOSS-6.5.7.tar.gz
  • cd EMBOSS-6.5.7
  • ./configure
  • make
  • sudo make install